En novembre 1994, le ministre de l’environnement de l’époque avait déposé sur le bureau de la Commission une demande de commercialisation et de mise en culture d’un maïs OGM Novartis, résistant à la pyrale. La quasi-totalité des organismes de sécurité sanitaire européenne, à l’exclusion bien évidemment de la France, avait marqué leur opposition à cette autorisation. Le Conseil des ministres n’ayant pas donné son accord sans pour autant exprimer un avis à l’unanimité, la décision était revenu à la Commission en application de la directive du 23 avril 1990 en vigueur à l’époque. La Commission, après consultation des comités scientifiques et sous pression des agro-semenciers avait le 23 janvier 1997 avait pris une décision d’autorisation. Le gouvernement français, à la demande du ministre de l’environnement de l’époque, avait décidé d’un moratoire. Le gouvernement de Lionel Jospin avait, le 5 février 1998, pris la décision contraire par un arrêté inscrivant trois variétés au catalogue officiel des espèces et variétés des plantes cultivées en France, et avait autorisé leur mise en culture.
Par une première décision en date du 25 septembre 1988, le Conseil d’État, faisant pour la première fois application au domaine de la santé environnementale du principe de précaution, ordonnait le sursis à exécution de cette décision, puis, par un deuxième arrêt en date du 11 décembre 1988, saisissait la Cour de justice de l’Union européenne d’une question préjudicielle sur le point de savoir si lorsque la Commission avait délivré un avis favorable, l’autorité compétente de l’État membre était obligée de délivrer le consentement écrit permettant la mise sur le marché du produit. Par arrêt en date du 21 mars 2000, la Cour de justice avait interprété la directive 90/220, en ce sens que, si la Commission avait pris une décision favorable l’autorité compétente était tenue de délivrer le consentement écrit permettant la mise sur le marché du produit. En revanche, si entre-temps l’État membre avait disposé de nouveaux éléments d’information qui lui permettaient de considérer que le produit pouvait présenter un danger pour la santé humaine et l’environnement il pouvait ne pas donner son consentement à condition d’en informer la Commission. De plus, si la juridiction nationale considère que des irrégularités ont été commises dans l’examen de la notification par l’autorité nationale compétente, il doit saisir la Cour à titre préjudiciel, s’il estime que ces irrégularités sont de nature à affecter la validité de la décision favorable de la Commission.
En appliquant cet arrêt qui créé donc une compétence liée au détriment des États membres, le Conseil d’État par arrêt en date du 22 novembre 2000 a jugé que le gouvernement français est obligé en l’absence d’éléments nouveaux de délivrer son consentement écrit. Les critiques adressées par les requérants à la régularité de la procédure ayant précédé la transmission du dossier à la commission des communautés européennes ne pouvaient avoir affecté la légalité de la décision.
